Ο πρώτος Ρώσος τσάρος που δεν προήλθε από την οικογένεια Rurik, ο Μπόρις Γκόντονοφ, πέθανε σε ηλικία 53 ετών στις 13 Απριλίου 1605. Ο θάνατός του είναι τυλιγμένος σε μυστικά, και μέχρι σήμερα οι ιστορικοί διαφωνούν για το αν ο θάνατός του ήταν φυσικός ή βίαιος.
Τα έγγραφα του Χρονικού δείχνουν ότι την ημέρα του θανάτου του ο Γκόντονοφ φαινόταν υγιής, γευματίστηκε με μεγάλη όρεξη και ανέβηκε στον πύργο από τον οποίο αγαπούσε να ερευνήσει τη Μόσχα. Τότε κατέβηκε από αυτήν, αισθάνθηκε άρρωστος. Ο γιατρός που κάλεσε στον τσάρο δεν μπορούσε να κάνει τίποτα, ο τσάρος αιμορραγούσε από τα αυτιά και τη μύτη του, σύντομα ο Γκουντούνοφ έφυγε.
Όπως έγραψε ένας από τους εκπροσώπους του Άγγλου πρέσβη Τόμας Σμιθ, ο οποίος ήταν εκείνη τη στιγμή στο δικαστήριο του Ρώσου αυτοκράτη, ο τσάρος αισθάνθηκε, εκτός από τη ναυτία και τον πόνο στο στομάχι, και πέθανε πριν φτάσει ο γιατρός.
Ο ξαφνικός θάνατος του Μπόρις Γκόντονοφ, οι πόνοι στο στομάχι δίνουν λόγο να υποψιαστεί ότι ο τσάρος δηλητηριάστηκε. Ο θάνατός του ήταν ευεργετικός, πρώτα απ 'όλα, για τους οπαδούς του Ψεύτικου Ντμίτρι Ι, του οποίου τα στρατεύματα πλησίαζαν τη Μόσχα εκείνη την εποχή.
Υπήρξε επίσης μια φήμη μεταξύ του λαού ότι ο ίδιος ο τσάρος δηλητηριάστηκε σε μια απόγνωση που προκλήθηκε από τη μη δημοφιλή του μεταξύ των ανθρώπων, την πείνα στη χώρα και την κατοχή της από τους Πολωνούς.
Γνωρίζοντας την ιδιοσυγκρασία του Μπόρις, τον χαρακτήρα του, την επιθυμία για υπέρτατη εξουσία, για την οποία ήταν έτοιμος για οτιδήποτε (κατηγορήθηκε για δηλητηρίαση του Ιβάν του Τρομερού, της δολοφονίας του Τσαρέβιτς Ντμίτρι, γιου του Ιβάν IV), και το οποίο πέτυχε, έγινε ο facto κυβερνήτης της Ρωσίας υπό τον Fedor Ivanovich, μπορείτε να αμφισβητήσετε την εκδοχή της αυτοκτονίας του Godunov. Ο ρωσικός λαός, η γνώμη του για τον τσάρο, ήταν πιθανότατα αδιάφορος για τον αυτοκράτορα. Η πρόοδος των Πολωνών σε ολόκληρη τη χώρα δεν μπορούσε να τρομάξει ούτε τον τσάρο, επειδή υπήρχαν ακόμη χειρότερες εποχές στη ρωσική ιστορία, ας θυμηθούμε, για παράδειγμα, την εισβολή των Μογγόλων-Τάταρων στη Ρωσία.
Δεν πρέπει να ξεχνάμε ότι ο Γκοντούνοφ ήταν συχνά άρρωστος τον τελευταίο καιρό και ο θάνατός του θα μπορούσε να οφείλεται σε μια μακρά ασθένεια του αυτοκράτορα.